סוכן 47, (טימותי אוליפנט), נולד כדי להיות רוצח. הקוד הגנטי שלו הונדס משילוב של רוצחים קטלניים, הוא חונך על ידי טובי המתנקשים בחסות פלג מסתורי של הכנסייה הקתולית והפך לכוח קטלני שמטרתו היא לחסל פושעים. הוא מבריק וכריזמטי ושיטת הפעולה שלו פשוטה ונקיה. הוא מקבל מידע על המטרה שלו, נכנס בשקט, מחסל ועוזב את המקום מבלי להותיר אחריו סימן או זכר. סימני ההיכר שלו הם דיוק בלתי מתפשר, כבוד וגאוה מקצועית, אבל אפילו הוא אינו מצליח לקחת בחשבון את המהפך העומד להתרחש בחייו – התעוררות מצפונו והרגשות המתפתחים בקרבו כלפי אחת מקורבנותיו. אישה יפה ומסתורית (אולגה קורילנקו), שמתגלה כהרבה פחות מתוקה ועדינה משחשב. מה שמתחיל כמשימת חיסול נוספת מתגלה כמלכודת ושערורייה פוליטית עולמית, הגורמת לסוכן 47 לברוח בכל רחבי אירופה מהצבא הרוסי והאינטרפול.
