כולל את הפרקים 17-22 של הסדרה המצליחה. פרקים 17 ו-18, פאדמה וג'אר ג'אר בינקס מחפשים אחר מעבדת נשק ביולוגי של הבדלנים בתקווה למנוע את התפרצות הווירוס הקטלני "הצל הכחול". כאשר השניים נשבים והווירוס משוחרר, לאנקין ואובי-וואן יש 48 שעות על מנת למצוא את החיסל כוכב מסתורי ובלתי נודע. בפרקים 19-21, אנקין חייב להתמודד עם ההשלכות האכזריות של אי הציות של אסוקה, ואילו אובי-וואן מנסה לחבל בנשק רב עוצמה של הבדלנים המוגן על ידי מגן אנושי של אזרחים חפים מפשע על כוכב הלכת ריילות'. במרוץ להציל את ריילות', מייס ווינדוחייב לשכנע את מנהיג טוויילק צ'אם סינדולה להצטרף לקרב להצלת עיר הבירה מהרס על ידי דרואידים. בפרק האחרון של עונה מרגשת זו, הרפובליקה מתמודדת בפני איום חדש ורב עוצמה כאשר צייד הראשים קאד ביין לוקח את אנשי בניין הסנאט כבני ערובה.
