הסרט X-מן ההתחלה מביא אל המסך את תחילת הסאגה האפית של X-מן, וחושף את ההיסטוריה הסודית של אירועים עולמיים מפורסמים. לפני שהמוטנטים חשפו את עצמם בפני העולם, ולפני שצ'רלס קסאוויאר ואריק לנשר שינו את שמם ל-"פרופסור אקס" ו"מגנטו", הם היו שני גברים צעירים שגילדגולים, אלא החברים הכי טובים, שעבדו ביחד עם עוד מוטנטים, כדי למנוע את בואו של היום הדין. תוך כדי העבודה יחד נוצר קרע עמוק ביניהם, קרע שהתחיל את המלחמה הנצחית בין האחווה של מגנטו לבין הX-מן של פרופסור אקס.
